La quasi totalità dell'estensione del Parco Nazionale dell'Arcipelago di La Maddalena è un sito di interesse comunitario (SIC) secondo la Direttiva Habitat 92/43 CE ed è caratterizzato dalla presenza di oltre 700 entità vegetali,che rappresentano un terzo della flora sarda e con più di 50 specie endemiche che rappresentano il 25% di quella complessiva della Sardegna e numerose altre specie rare e di interesse fitogeografico, nonché numerosi habitat di importanza comunitaria .

Il paesaggio vegetale delle isole è fortemente condizionato dal fattore vento, insolazione aridità e povertà dei suoli, dal gradiente altitudine nonché dalla distanza dalla terraferma.

Le principali formazioni vegetali sono quelle tipiche della fascia costiera mediterranea: è presente una macchia dominata da ginepro, corbezzolo, fillirea, lentisco, mirto, erica, calicotome, cisto ed euforbia; verso la costa la vegetazione degrada dalla macchia più bassa alla gariga dove, tra le fitocenosi più caratteristiche, occorre menzionare quelle alofile. Le superfici sabbiose e i luoghi più o meno salsi consentono la presenza di formazioni di alimieti, salicomieti e di vegetazione psammofila.

Con i suoi 180 km di coste nell'Arcipelago sono presenti alcune delle spiagge tra le più celebri e suggestive del Mediterraneo; si ricordano in particolare la Spiaggia Rosa, la spiaggia del Cavaliere nell’isola di Budelli, le spiagge di Cala Coticciu, Cala Napoletana e del Relitto a Caprera, Cala Corsara e Cala Granara a Spargi. Suggestive nell’isola di La Maddalena Bassa Trinita, con le sue dune di sabbia bianca, Monti dà Rena o la scogliera di Punta Tegge.

Danno una caratteristica al paesaggio unica le insenature e cale che determinano una miriade di approdi naturali oltremodo articolati, consentendo di trovare luoghi in grado di dare comunque sicurezza ai naviganti in diverse condizioni di mare. Ad esse sono strettamente correlati i colori del mare che hanno reso celebre in tutto il mondo l'Arcipelago, in particolare il porto Madonna, Cala Corsara, la Spiaggia di Cala Lunga di Razzoli, Santa Maria, Cala Coticciu. L'Arcipelago, sebbene interessato dall'occupazione umana sin da tempi antichissimi, come dimostrano i siti preistorici di Spargi e di Santo Stefano, fu frequentato durante il periodo romano, anche per l'estrazione dei materiali lapidei per la costruzione di colonne e altri manufatti.